硬纤维瘤，又被称为侵袭性纤维瘤病，是一种具有局部侵袭性的肿瘤。虽然它不会转移，但其复发率较高，极大影响了患者的生活质量。目前，针对硬纤维瘤的分子层面研究相对匮乏，导致患者在治疗选择上受到限制。该研究旨在开发新的硬纤维瘤预后标志物，并验证先前已公布的相关标志物，深入探讨硬纤维瘤在基因组、表观基因组和转录组水平上的分子异质性，以期为精准治疗提供理论依据。

研究方法与结果

对20例原发性硬纤维瘤的31个标本进行了RNA-seq分析，检测到了14个在复发患者与未复发患者之间差异表达的基因。然而，这些基因在同一患者组内及相同肿瘤的不同区域之间表现出高度的可变性。在验证两项先前研究中的预后基因表达特征时，发现不同患者及同一肿瘤内这些基因的表达存在显著异质性。例如，Salas研究中的36个基因特征中，仅FECH基因在复发和未复发肿瘤中表现出明显的差异表达，不过与原研究结果不符；而Kohsaka研究中的IFI6和LGMN基因在本研究中并未显示与复发相关的差异表达，且在同一肿瘤内也存在表达异质性。通过IHC技术验证了这些标志物的可变表达，但与局部复发并无明显关联，进一步证实了基于基因表达特征的预后分类受到肿瘤采样区域的影响。

患者案例分析

在患者1中，原发性和复发性肿瘤均携带CTNNB1基因的T41A突变，复发性肿瘤的两个区域还检测到了S45P突变，且二者的VAF值不同。系统发育分析显示，原发肿瘤存在三个不同的亚克隆，而复发性肿瘤则形成了两个新亚克隆，并共享PTP4A1基因突变，其RNA表达水平低于原发性肿瘤的野生型区域。原发性与复发性肿瘤在DNA拷贝数的改变上较少，但在DNA甲基化和转录组谱上表现出显著的差异，原发肿瘤的某一区域展现出独特的转录组特征，富集了与线粒体氧化磷酸化途径相关的基因，且部分基因的表达与甲基化呈负相关。

患者2的原发性和复发性肿瘤亦携带CTNNB1 T41A突变，且在第三次复发肿瘤中出现了三个新的DNA突变（MKI67、MYOF和HAUS1），其中MYOF突变在RNA-seq结果中得到证实。患者2的原发性和复发性肿瘤表现出多个克隆和亚克隆的DNA拷贝数变化，DNA甲基化谱形成不同的聚类，而转录组分析结果显示，原发性肿瘤与第二次、第三次复发的转录组谱高度不同，然而第二次复发肿瘤某一区域与原发性肿瘤相似。

患者3的原发性及大多数复发性肿瘤均携带CTNNB1 S45F突变，唯一第二次复发肿瘤的一份样本未检出该突变，但RNA-seq结果已证实其存在。第一和第二次复发肿瘤中存在大量局灶性DNA拷贝数改变，第二次复发肿瘤在表观基因组谱上与其他标本显著不同，原发性肿瘤与第一次复发肿瘤在转录组水平上高度表现出肿瘤内异质性，而第三次复发肿瘤则富集了12个缺氧相关基因。

研究总结

本研究首次全面揭示了硬纤维瘤在基因组、表观基因组和转录组层面的高度肿瘤内和肿瘤间异质性，表明基于单肿瘤活检的分子分析可能低估硬纤维瘤的分子改变程度。复发性硬纤维瘤表现出多种原发性肿瘤中不存在的分子改变，提示肿瘤在发展过程中经历了分子进化，这对药物研发和生物标志物的验证具有重要意义。

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